时间是德川幕府的数十年后，江户城出现了一个背负巨剑的神秘人万源九郎，那把剑是由外星的金属铸造而成的三神器之一，可以给持有者以巨大的力量。另外两件神器“暗神的独杵钻”和“汤田的十字架”，三件神器全部收集全了后，就可以征服世界了。 源九郎为了实现其祖父“要将三神器凑齐还给本来的持有者”的遗言，踏上了寻找那两件神器的旅途。在路上，他无意中救下了遇到了继承了丰臣血脉被德川家追杀的公主舞，还有她的侍从忍者佐助，公主的体内原来还寄生了外星生物，目的也是为了收集3件神器。就这样，源九郎，德川家的杀手集团，公主舞和忍者佐助，还有外星生物等等人物开始了争夺神器的斗争中……
